באביב ובקיץ 1942, עם תחילת השלב הסופי של ההשמדה, התארגנו בגטאות גרעיני המחתרת היהודית הלוחמת והתגבש הרעיון של יציאה ליערות ולחימה נגד הגרמנים. כ- 92,222 יהודים יצאו ליערות, בדרך כלל אנשים צעירים והיו ביניהם גם נשים וילדים, שהתארגנו בעיקר ב"מחנות משפחה" והגישו סיוע לפרטיזנים הלוחמים.
לאוכלוסייה המקומית הייתה השפעה רבה על אפשרות הקיום ביערות.
הפרטיזנים לא יכלו להתקיים ביערות תקופה ממושכת ללא סיוע של האוכלוסייה המקומית. קיום עצמאי של יהודים ביערות היה כמעט בלתי אפשרי. באוקראינה המערבית הופיע גורם חדש, ארגון הלאומנים האוקראינים – צבא המורדים האוקראיני (U.P.A.) , שרצח יהודים ביערות ובכפרים ובכללם פרטיזנים יהודים. למרות זאת המשיכו היהודים לברוח ליערות ולהתארגן למלחמת פרטיזנים. פרטיזנים יהודים נמצאו במספרים גדולים יחסית ביערות מערב בילורוסיה וצפון מערב אוקראינה. הם הקימו יחידות פרטיזנים יהודיות בעיקר בליטא ובילורוס(, אולם הן פורקו ע"י יחידות מטה הפרטיזנים הסובייטי.
כבר בימים הראשונים של המלחמה (1941) הונחו היסודות לפעילות פרטיזנית. תנועת הפרטיזנים הסובייטית התפתחה בהדרגה. מטרת הפעילות הפרטיזנית הייתה מעיקרה רצח גרמנים ומשתפי פעולה ולשבש את פעולות העורף הגרמני. נושא הצלת יהודים לא הופיע על סדר היום של הפרטיזנים הסובייטים.